Стремясь лучше понять происхождение и распространение бубонной чумы, ученые завершили кропотливый анализ сотен современных и древних геномных последовательностей.
В работе исследователи использовали комплексные данные и анализ, чтобы составить представление о сложной истории Y. pestis, бактерии, вызывающей чуму. Исследование включает анализ более 600 геномных последовательностей со всего мира, охватывающих первое появление чумы у людей 5 000 лет назад, чуму Юстиниана, средневековую Черную смерть и третью пандемию, которая фиксировалась еще в начале 20 века.
Команда исследовала геномы штаммов, распространенных по всему миру и имеющих разный возраст, и определила, что Y. pestis имеет нестабильные молекулярные часы. Это особенно затрудняет измерение скорости накопления мутаций в его геноме с течением времени, что затем используется для расчета даты возникновения. Поскольку Y. pestis развивается очень медленно, практически невозможно точно определить место его возникновения.
Для решения этой проблемы исследователи разработали новый метод выделения конкретных популяций Y. pestis, что позволило им идентифицировать и датировать пять популяций на протяжении всей истории, включая самые известные древние пандемические линии, которые, по их оценкам, возникли за десятилетия или даже столетия до того, как пандемия была исторически задокументирована в Европе.